GTDB-Tk(Genome Taxonomy Database Toolkit)는 유전체의 계통 분류(taxonomic classification)를 수행하기 위한 도구로입니다. 완전한 유전체 어셈블리부터 메타게놈으로부터 추출된 MAG(Metagenome-Assembled Genome) 데이터까지 폭넓게 적용할 수 있습니다. GTDB에 포함된 표준화된 계통 분류 체계를 기반으로, 각 유전체의 유전적 거리와 단일복제 마커 유전자의 계통적 위치를 분석하여 분류 계층(계–문–강–목–과–속–종)을 할당합니다. 내부적으로 marker gene alignment, phylogenetic placement, classification 단계를 자동으로 수행하며, RAxML, FastANI 등의 외부 도구를 통합하여 정확하고 재현성 있는 계통 분류를 제공합니다. 이를 통해 다양한 유전체 데이터에 대해 일관되고 재현성 있는 계통 정보를 부여할 수 있습니다.

MLST (Multi-Locus Sequence Typing)는 미생물의 균주(strain)의 타입을 설정하고, 이를 아종 수준에서 분류하는 데 사용되는 도구입니다. 이러한 분석에는 하우스키핑 유전자(housekeeping genes)의 서열 정보가 이용됩니다. 하우스키핑 유전자는 세포 생존에 필수적인 기능을 담당하는 단백질 영역의 정보를 담고 있습니다. 때문에 이 유전자 영역은 매우 보존성이 높고, 같은 종 내의 생물은 거의 동일한 유전자 서열을 가지게 됩니다. 하지만 기능에 영향을 주지 않는 범위 내에서 일부 염기 서열의 변이가 발생할 수 있습니다. MLST는 이 미세한 서열 변이를 이용해 아종을 구분합니다. 우선 서열 변이를 각 유전자 자리(locus) 별로 대립유전자(allele)로 지정합니다. 이 대립유전자의 조합을 서열형(Sequence Type, ST)으로 정의합니다. 

ABRicate는 미생물 유전체학 분야에서 광범위하게 활용되는 도구입니다. 이 도구를 사용하면 미생물 유전체 내에 존재하는 항생제 내성 유전자(Antimicrobial Resistance, AMR) 및 병원성 인자 유전자(Virulence Factor, VF)의 존재 여부를 빠르게 확인할 수 있습니다.
ABRicate는 입력된 박테리아 유전체 서열을 기반으로, 사용자가 선택한 AMR/VF 전문 공공 데이터베이스(DB)에 대해 BLAST 등의 비교 분석을 수행하여 관련 서열의 존재를 확인합니다. 해당 도구에서 선택 가능한 주요 데이터베이스로는 항생제 내성(AMR)과 관련하여 CARD (Comprehensive Antibiotic Resistance Database), ResFinder, ARG-ANNOT, NCBI AMRFinderPlus 등이 있습니다. 병원성 인자(VF)의 경우 VFDB (Virulence Factor Database)를 사용합니다. 그 외에도 플라스미드 서열 정보 확인을 위한 PlasmidFinder, 그리고 E. coli 혈청형 분류에 특화된 EcOH DB 등 다양한 데이터베이스를 지원합니다. ABRicate는 이러한 기능을 통해 미생물의 잠재적 위험성을 평가하는 데 핵심적인 역할을 수행합니다.